Năm 1502, James IV của Scotland ký kết hiệp định hòa bình vĩnh viễn với Henry VII của Anh. James IV cưới con gái của Henry VII là Margaret Tudor, tạo cơ sở cho liên minh các vương quốc sau này. Đối với Henry, liên hôn với một trong các nền quân chủ uy tín nhất châu Âu tạo tính hợp pháp cho dòng Tudor mới nắm quyền tại Anh.[28] Một thập niên sau, James IV đưa ra quyết định gây họa là xâm chiếm Anh nhằm ủng hộ Pháp theo liên minh giữa hai bên. Ông là quân chủ cuối cùng tại Anh Quốc tử chiến, đó là trong trận Flodden.[29] Trong vòng một thế hệ, liên minh giữa Scotland và Pháp kết thúc theo Hiệp định Edinburgh. Pháp chấp thuận rút toàn bộ lực lượng trên bộ và trên biển. Cũng trong năm 1560, John Knox thực hiện mục tiêu đưa Scotland trở thành quốc gia Tin Lành, và nghị viện của Scotland hủy bỏ quyền uy của giáo hoàng tại Scotland.[30] Nữ vương Mary của Scotland là một tín đồ Công giáo và từng là vương hậu nước Pháp, bà bị buộc thoái vị vào năm 1567.[31]

Năm 1603, James VI của Scotland kế thừa vương vị của Vương quốc Anh và Vương quốc Ireland, trở thành Quốc vương James I của Anh và Ireland, ông rời Edinburgh đến Luân Đôn.[32] Ngoại trừ một giai đoạn ngắn thời Bảo hộ công Cromwell, Scotland duy trì là một quốc gia riêng biệt, song có xung đột đáng kể giữa quân chủ và những người Minh ước (Covenanter) về hình thức cai quản giáo hội. Trong Cách mạng Vinh Quang 1688–89, Quốc vương James VII của Scotland và II của Anh bị Quốc hội Anh phế truất để ủng hộ William và Mary.

Giống một số quốc gia khác như Pháp, Na Uy, Thụy Điển và Phần Lan, Scotland hứng chịu các nạn đói trong thập niên 1690. Tử vong, sinh sản giảm và xuất cư tăng khiến dân số nhiều nơi trong nước giảm từ 10-15%.[33]

Năm 1698, Công ty Scotland thử nghiệm dự án chiếm lấy một thuộc địa mậu dịch trên eo đất Panama. Hầu như mọi địa chủ Alba có tiền nhàn rỗi đều được cho là đầu tư vào kế hoạch Darien. Kế hoạch thất bại khiến các địa chủ này phá sản, song các thị trấn thì không. Tuy thế, việc giới địa chủ phá sản, cùng với mối đe dọa Anh xâm chiếm, giữ vai trò hàng đầu trong việc thuyết phục giới tinh hoa Scotland ủng hộ liên hiệp với Anh.[34][35] Ngày 22 tháng 7 năm 1706, Hiệp định Liên hiệp được đại biểu của quốc hội hai bên tán thành, và đến năm sau hai đạo luật liên hiệp được hai quốc hội thông qua để lập nên Vương quốc Anh thống nhất có hiệu lực từ 1 tháng 5 năm 1707; tồn tại phản đối trong quần chúng và các cuộc bạo loạn chống liên hiệp tại Edinburgh, Glasgow, và những nơi khác.[36]

Phong trào Khai sáng

Do thuế quan mậu dịch với Anh bị bãi bỏ, mậu dịch của Scotland bùng nổ, đặc biệt là với các thuộc địa của Anh tại châu Mỹ. Tàu tốc hành của các thương nhân Tobacco Lords (vua thuốc lá) tại Glasgow là tàu nhanh nhất trên hành trình đến Virginia. Cho đến trước Cách mạng Mỹ vào năm 1776, Glasgow là cảng thuốc lá đứng đầu thế giới, chi phối mậu dịch thế giới.[37] Cách biệt về của cải giữa tầng lớp thương nhân vùng Lowlands và những gia tộc xưa tại vùng Highlands tăng lên, mở rộng nhiều thế kỷ chia rẽ.

Phong trào phục hồi vương vị cho dòng Stuart bị phế truất (phong trào Jacobite) được nhiều ủng hộ tại vùng Highlands và đông bắc của Scotland, đặc biệt là trong các tín đồ ngoài phái Trưởng Lão như Công giáo La Mã và Thánh Công Hội. Tuy nhiên, hai cuộc khởi nghĩa của phong trào Jacobite vào năm 1715 và 1745 bị thất bại trong mục tiêu loại bỏ vương vị Anh Quốc của gia tộc Hanover. Mối đe dọa của phong trào Jacobite đối với Anh Quốc và các quân chủ nước này kết thúc trên thực tế trong trận Culloden năm 1746, đây là hội chiến cuối cùng của Anh Quốc. Kết quả này mở đường cho hành động loại bỏ quy mô lớn cư dân bản địa của vùng Highlands và Islands, được gọi là Highland Clearances (dọn quang cao nguyên).

Khai sáng Scotland và cách mạng công nghiệp biến Scotland thành một cỗ máy trí thức, thương nghiệp và công nghiệp[38] Do phong trào Jacobite kết thúc và liên hiệp với Anh, hàng nghìn người Scots mà chủ yếu là từ vùng Lowlands đã nắm giữ nhiều chức vụ quyền lực trong chính trị, công vụ, quân đội, kinh tế, doanh nghiệp thuộc địa và các lĩnh vực khác khắp Đế quốc Anh mới hình thành. Sử gia Neil Davidson viết rằng "sau năm 1746 người Scot tham gia sinh hoạt chính trị với mức độ hoàn toàn mới, đặc biệt là bên ngoài Scotland." Davidson cũng nói "trái với việc là 'ngoại vi' đối với kinh tế Anh Quốc, Scotland mà chính xác hơn là Lowlands nằm tại nòng cốt của nó."[39]

Thế kỷ XIX

Đạo luật Cải cách Scotland 1832 gia tăng số nghị sĩ Scotland trong Quốc hội Anh Quốc và mở rộng quyền bầu cử cho nhiều người hơn thuộc tầng lớp trung lưu.[40] Từ giữa thế kỷ XIX, ngày càng có nhiều yêu cầu về quyền tự quản cho Scotland và chức vụ bộ trưởng phụ trách Scotland được khôi phục.[41] Đến cuối thế kỷ XIX, các thủ tướng của Anh Quốc có nguồn gốc từ Scotland gồm có William Gladstone,[42] và Bá tước xứ Rosebery.[43] Vào cuối thế kỷ này, tầng lớp lao động gia tăng tầm quan trọng với dấu mốc là chiến thắng của Keir Hardie trong bầu cử năm 1888, dẫn đến hình thành Công đảng Scotland, đảng này sáp nhập vào Công đảng Độc lập vào năm 1895, có thủ lĩnh là Hardie.[44]

Glasgow trở thành một trong các thành thị lớn nhất thế giới, mang danh "thành phố thứ nhì của Đế quốc" sau Luân Đôn.[45] Sau năm 1860, các xưởng đóng tàu Clydeside tại Glasgow chuyên đóng tàu hơi nước làm từ sắt (từ thép sau năm 1870), chúng nhanh chóng thay thế các tàu gỗ của các đội tàu thương nghiệp và quân sự trên vũ trụ. Thành phố này trở thành trung tâm đóng tàu vượt trội trên thế giới.[46] Phát triển công nghiệp mang đến việc làm và của cải, song nhà ở, quy hoạch đô thị và điều kiện y tế công cộng không theo kịp tốc độ của nó, và trong một khoảng thời gian điều kiện sinh hoạt tại một số thành thị trở nên tồi tệ khi có quá đông người, mức tử vong trẻ sơ sinh cao, và tỷ lệ mắc lao tăng.[47]

Khai sáng Scotland theo truyền thống được nhìn nhận là kết thúc vào cuối thế kỷ XVIII,[48] song việc Scotland có đóng góp lớn hơn tỷ lệ dân số cho khoa học và văn học Anh Quốc tiếp tục trong 50 năm nữa hoặc hơn thế, nhờ công của các nhân vật như các nhà vật lý học James Clerk Maxwell và Huân tước Kelvin, cùng các kỹ sư và nhà phát minh James Watt và William Murdoch, công việc của họ có tính quyết định đối với phát triển kỹ thuật trong cách mạng công nghiệp trên toàn Anh Quốc.[49] Về văn học, nhân vật thành công nhất vào giữa thế kỷ XIX là Walter Scott. Tác phẩm văn xuôi đầu tiên của ông là Waverley được xuất bản vào năm 1814, nó thường được cho là tiểu thuyết lịch sử đầu tiên.[50] Sự nghiệp thành công của Walter Scott giúp định nghĩa và truyền bá bản sắc văn hoá Scotland.[51]

Trong giai đoạn này, diễn ra quá trình phục hồi văn hoá Highlands. Trong thập niên 1820, nằm trong phong trào phục hưng lãng mạn, vải len ô vuông và váy của người Scotland được các thành viên giới tinh hoa xã hội chấp thuận, không chỉ tại Scotland mà còn khắp châu Âu,[52][53] Tuy nhiên, vùng Highlands vẫn rất nghèo và cổ xưa.[54] Nhu cầu cải thiện nông nghiệp và lợi nhuận dẫn đến Highland Clearances (dọn quang cao nguyên), trong đó phần lớn cư dân Highlands bị buộc chuyển chỗ ở do đất đai bị rào quanh, chủ yếu là để chăn cừu. Quá trình dọn quang đi theo mô hình cải biến nông nghiệp trên khắp Anh Quốc, song kết quả đặc biệt tiêu cực.[55] Một hậu quả là di cư liên tục từ thôn quê đến thành thị, hoặc xa hơn là đến Brasil, Canada, Hoa Kỳ hoặc Úc.[56] Dân số Scotland tăng trưởng đều đặn trong thế kỷ XIX, từ 1.608.000 theo điều tra năm 1801 lên 2.889.000 vào năm 1851 và 4.472.000 vào năm 1901.[57] Dù công nghiệp phát triển song vẫn không có đủ việc làm tốt, do đó trong giai đoạn 1841–1931 có khoảng 2 triệu người Scots di cư sang Bắc Mỹ và Úc, và 750.000 người chuyển sang Anh.[58]